Moravia Cantat beschäftigt sich schwerpunktmäßig mit der kulturellen Polyphonie Böhmens und Mährens. Dabei steht die vielseitige Musikkultur sowie deren wechselseitige Beziehungen mit Kompositionen deutscher, tschechischer und jüdischer Komponisten im Fokus des Repertoires. Die Vielfältigkeit dieser musikgeschichtlich hochinterssanten Region im Herzen Europas kommt durch die Vielseitigkeit des Ensembles zum Vorschein.

Das Repertoire von Moravia Cantat umfaßt weltliche und geistliche Chormusik, historischen Tanz und Volkstanz, Werke für Streichorchester, Blockflöten- und Blechbläserensemble sowie für Renaissance-Musik auf Originalinstrumenten.